La création d'animaux infectés permanents immunotolérants (IPI) est un point essentiel de la compréhension des mécanismes de transmission de la maladie des muqueuses.

Seuls les foetus contaminés entre 40 et 120 jours de gestation sont à l'origine de la forme caractéristique de la maladie des muqueuses, à cause de leur statut d'IPI.

On estime que 1 à 2% des bovins sont des IPI, et que cette source importante de virus suffit à entretenir la circulation de la BVD, qui semble ainsi avoir atteint une sorte d'équilibre : les bovins naturellement immunisés représentant environ 50 % de la population.