Les protéïnes de la structure du virus présentent une très grande variabilité. C'est ce qui explique la multitude de souches de virus BVD présentes sur le terrain.
Ce sont ces glycoprotéïnes qui sont à l'origine d'anticorps protecteurs (neutralisants). Ce qui veut dire qu'un bovin immunisé correctement vis-à-vis d'une souche de virus ne l'est pas forcément autant vis-à-vis d'une souche très différente.